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4° Taller de Bioinformática Análisis de Metagenomas y Metatranscriptomas Ambientales

Ensenada, Baja California, México, 12 de septiembre de 2017, México Ambiental.- El Centro de Investigación Científica y Educación Superior de Ensenada (CICESE) es la sede del 4° Taller de Bioinformática Análisis de Metagenomas y Metatranscriptomas Ambientales, del 25 al 29 de septiembre y cuyo objetivo es ofrecer una visión reciente de las técnicas y programas más usados en el análisis de  datos  metagenómicos, aprendiendo estrategias de obtención y organización de los datos procedentes de secuenciación masiva, los principios básicos para el análisis de calidad de las secuencias, métodos de asignación taxonómica y agrupamiento de genes, ensamblado, clasificación y caracterización  funcional, modelos estadísticos para la estimación de la diversidad microbiana y la metodología y métricas que nos permitan comparar las comunidades microbianas.

 

El taller está dirigido a estudiantes de posgrado, investigadores y personas interesadas. Los aspirantes deben tener conocimientos básicos en herramientas de bioinformática y de biología molecular. Domino básico del idioma inglés.

 

La sede es el CICESE, ubicado en la carretera Ensenada-Tijuana No. 3918, Zona Playitas, CP 22860, Ensenada, Baja California en México. Teléfono 01(646)175-05-00 ext 27163.

 

La secuenciación masiva paralelizada se ha generalizado como una herramienta que nos brinda la posibilidad de realizar estudios ambientales  de manera muy exhaustiva, permitiéndonos descubrir y describir las complejas comunidades que los  microorganismos forman, sin necesidad de cultivarlos.

 

La metagenómica no dirigida (metagenómica shotgun) y la metatranscriptómica, es decir, la secuenciación completa del material genético (ADN y ARN) obtenido directamente del medio nos permiten evaluar la diversidad genética y el potencial funcional de estos organismos, eliminando, al mismo tiempo, la necesidad de aislarlos.

 

La gran cantidad de información generada por las plataformas de secuenciación de última generación ha impulsado un sano debate sobre las mejores prácticas para el análisis de datos, al mismo tiempo que incrementa la demanda de nuevas herramientas que ayuden a abordar e interpretar importantes  cuestiones ecológicas.

 

Los temas a desarrollar son:

Análisis de metagenomas:

Short read quality and trimming: FastQC and Trimmomatic

K-mer Spectral Error Trimming Why (or why not) do k-mer trimming?

Assembling your short read data set with MEGAHIT

Binning genomes out of your metagenome

Quickly searching and comparing your samples with sourmash

Annotation with Prokka (installing and running Prokka)

Quantifying abundance across samples with Salmon

Using and Installing Circos and Visualizing Gene Coverage and Orientation

A brief discussion of workflows & repeatability

 

Análisis de transcriptomas bacterianos

Considerations for reference vs reference-free transcriptome analysis

RNA-seq and Differential Gene Expression in Bacteria

Setting up your RNA-seq project

Quality control and trimming of reads

Align and count gene features

Differential gene expression

 

Introducción a QIIME para el análisis de amplicones

Execute a QIIME command: Assemble paired-end reads

Explore input and output files for QIIME workflows and scripts

Understand the structure and components of a good mapping file

Define operational taxaonomic units (OTUs)

Execute a QIIME workflow, and understand the separate steps in the workflow

Align sequences, assign taxonomy, and build a tree with representative sequences from OTU definitions

 

Los profesores son: Dr. C Titus Brown, associate professor, UC Davis Genome Center; Dra. Harriet Alexander, postdoctoral fellow, UC Davis Genome Center. Dr. Phillip Brooks, postdoctoral research scientist, Department of Population Health and Reproduction, UC Davis School of Veterinary Medicine

 

EL costo es de 4,500 pesos y los estudiantes del CICESE podrán disponer de una beca que cubra total o parcialmente la cuota de inscripción. Para ésta, los requisitos para la selección son: Ser estudiante de posgrado y estar involucrado en proyectos o propuestas de trabajo que incluyan análisis de datos genómicos (comprobar con el CV). Carta de intención donde se expliquen los motivos para participar en el taller (máximo 400 palabras). Resumen del trabajo que se presentará en la sesión de cartel (máximo 300 palabras). Deben estar en un solo archivo PDF que se anexará al correo que se envíe para la inscripción.

 

Los participantes en carteles están invitados a presentar sus trabajos en esta sesión. Los trabajos pueden ser propuestas para desarrollar a corto plazo o resultados de estudios en desarrollo. Todos los estudiantes becados deberán presentar trabajo en esta sesión. El cartel deberá tener las siguientes dimensiones: 90 cm de ancho x 120 cm de largo. Deberá contener la siguiente información en su cabecera: título del trabajo, autores, subrayando al presentador, su adscripción. El contenido del trabajo será en formato libre.

 

Para información de contacto: Dra. María Asunción Lago Lestón, Departamento de Innovación Biomédica, CICESE. [email protected], [email protected]. Inscripciones: CP Gabriela Altamirano Sosa y Silva, [email protected]

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